Após vários ataques alienígenas em Gotham, Metrópolis e Coast City, um grupo de super-heróis se juntam para enfrentar essa ameaça. Esse filme mostra os maiores nomes da DC, Superman, Batman, Mulher Maravilha, Flash, Lanterna Verde, Cyborg e Shazam, contra seu mais terrível vilão, Darkseid.
Lex Luthor é o presidente dos Estados Unidos e faz um comunicado para toda a nação: Superman e Batman são inimigos do Estado. Isso faz com que o kryptoniano e o Morcego se tornem o alvo de vários outros super-heróis do universo DC. Em paralelo a todos esses problemas, os dois heróis ainda precisam impedir um meteoro que se aproxima da Terra.
O herói Lex viaja até o universo principal para pedir ajuda à Liga da Justiça a colocar as coisas em ordem em seu mundo de origem. Trata-se do Lex da Terra 3, um mundo onde a Liga da Justiça é a vilã, e atende pelo nome de Sindicato do Crime
Bruce Wayne está de volta a Gotham, depois de ter passado doze anos fora, treinando. Vemos o primeiro ano de combate ao crime desse jovem milionário que está aprendendo a ser o Batman que conhecemos. Em paralelo a isso, também vemos o início da carreira em Gotham do policial Jim Gordon, que luta contra o crime da sua forma.
Com a intenção de impedir o assassinato de sua mãe, Flash volta no tempo. Entretanto, isso causa mudanças drásticas na realidade que vive, criando uma linha temporal paralela. Nesse mundo ele não possui poderes, sua mãe está viva, a Liga da Justiça não existe, há uma guerra mundial entre atlantes e amazonas, e o Batman é Thomas Wayne, pai do falecido Bruce Wayne. Flash precisa consertar tudo isso e voltar para sua linha temporal original.
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